یکی از تفاوت های مهم بین نرم افزار تحت وب و نرم افزار تحت ویندوز اینست که نرم افزار های تحت وب را می توان در هر زمان و مکانی استفاده نمود و وابسته کامپیوتر خاصی نیستند و اگر برای سیستم مشکلی پیش آید به اطلاعات لطمه وارد نمی شود. نرم افزار تحت وب امنیت بالاتری نسبت به نرم افزار تحت ویندوز دارند و حجم زیادی از اطلاعات را می تواند نگهداری کند چراکه پایگاه داده ها امروزه می توانند حجم زیادی اطلاعات و داده ها را در خود نگهداری کنند.

یکی از نرم افزار های تحت وب معروف نرم افزار حسابداری شرکتی می باشد. این نرم افزار برای یکپارچه سازی و مدیریت اطلاعات مالی بسیار کاربردی می باشد. همچنین نرم افزار حسابداری شرکتی قابلیت ها و ویژگی های دیگری نظیر : اعلام سر رسید چک ها ، ایجاد دسترسی های مختلف برای کاربران ، قابلیت ثبت قرارداد ، پیش فاکتور، فاکتور و تعدیلات فروش ، قابلیت استفاده چند کاربر بصورت همزمان ، گزارش دهی دقیق به حسابداران ، ثبت حساب های بانکی و ...

همچنین برای اینکه بتوانید حجم زیادی داده و اطلاعات را نگه دارید با سیستم عامل ویندوز و نرم افزار های تحت ویندوز حافظه محدود تری نسبت به نرم افزار های تحت وب داری چرا که پایگاه داده ها امروزه می توانند حجم زیادی اطلاعات را در خود جای دهند. قیمت این نرم افزار ها متغیر می باشد و بنا به کسب و کار شما و کاربردی که دارند متفاوت است. به عنوان مثال قیمت نرم افزار حسابداری متفاوت است و بسته به استفاده و کارایی که از نرم افزار حسابداری خود می خواهید متغیر است.

یکی از قابلیت های مهم نرم افزار های حسابداری آنلاین گزارش دهی دقیق به حسابداران است ،این نرم افزارها به کمک حسابداران می آید و باعث می شود تا با دقت بیشتر به امور مالی رسیدگی کنند . در این نرم افزارها می توانید دسترسی های مختلفی تعریف نمایید برای مدیران و کاربران و همچنین قابلیت ارتقاء نیز دارد. یکی دیگر از مسائل مهم امنیت نرم افزار است. به این معنی که هر کسی نتواند وارد سیستم شود بدون اجازه مدیر و قابلیت شخصی سازی دارد.